故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
故事以20世纪70年代日本静冈清水市为背景，这里生活着快乐而幸福的樱一家。樱桃子（小丸子）是家中最小的女儿，她贪玩懒惰，还迷迷糊糊，经常惹得妈妈和姐姐大发雷霆。不过身边有个没正形儿的父亲和溺爱她的爷爷，倒让小丸子的生活不致于太无聊。尤其是爷爷，祖孙俩在一起可没少闹笑话。
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市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
小茜与乱马忙着应付挥舞锅铲的未婚妻、变成家禽的对手，以及好色的武术大师，天道道场的混乱场面持续上演。
居住在宁静的孤岛·伊那国岛的少年们，突然遭遇了足球部废部的危机。取回足球的条件是，在Football Frontier的比赛中取得一胜。主人公·稻森明日人等人离开了岛，进入雷门中学并向Football Frontier发起挑战。伊那国·雷门十一人初战的对手，是排名第一的“星章学园”……
时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
白明与御子地。住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上……身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。不去悄悄地偷看一下吗？她们那安详而愉快，十分可爱的生活。
奥莉薇（长江里加 配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美 配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。本田华子（木野日菜 配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的世界之中。
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
在现代的数字社会，使用瓦尔特P-38手枪开着老爷车的鲁邦三世使用互联网与众多数字移动终端来面对敌人。神出鬼没、异想天开、大胆妄为的大大盗鲁邦三世在新时代的法兰西的前所未闻无法预测的故事再次拉开帷幕！
